李时珍一边行医，一边研究药物，立志要编写一部比较完善的药物书。1551年，明宗室武昌楚王听说他医术了得，便聘请他到王府来负责祭祀礼仪和医务。为了早日成书，李时珍便进了王府。之后，李时珍不仅治好了楚王世子的暴厥病症，还解决了很多人的疑难杂症，一时间声名鹊起，很快就被举荐担任了太医院的医官。
太医院是明朝的中央医疗机构，收藏着很多珍贵的医书资料和药物标本。李时珍很珍惜这来之不易的机会，一头扎进了书堆，没日没夜地研读、摘抄和描绘药物图形，吸收着前人提供的医学精髓。同时，他多次向院方提出编写《本草纲目》的建议，可是不仅没有被采纳，还遭到了保守派的讥讽与中伤。
1552年，34岁的李时珍开始按照自己的计划来重修本草。由于准备充分，开头还比较顺利；可是，越到后面，越觉得难。因为药物种类繁杂多样，根本不可能将所有的性状、习性和生长情形都记在心里。比如，白花蛇、竹子、艾叶是蕲州的三大特产，主治风痹、惊搐、癞癣等疾病。可是，从药贩子手里买来的“白花蛇”居然跟书上描述的完全不同。为了了解真正的白花蛇，李时珍不得不跟着捕蛇人亲自上山捕捉白花蛇，结果发现：此蛇跟书中讲述的完全一样，而药贩子手里的则是假的。