但即便如此，这样的访问并非没有争议。有人对马英九此行的意义和影响提出了不同的看法。在两岸关系复杂多变的背景下，每一次交流都可能被赋予各种解读。马英九此行虽然被定性为“私人行程”，但其所产生的影响却远非私人范畴所能限制。